Met ingang van 1 januari 2006 neemt de Belastingdienst de heffing en inning van de heffing ondernemingsraden over van UWV.
De SER blijft het heffingspercentage bepalen en geeft aan welke ondernemingen heffingsplichtig zijn. UWV blijft verantwoordelijk voor de afhandeling van de heffingen over de jaren tot en met 2005.
In plaats van de voorschotnota van het UWV ontvangen alle ondernemingen die volgens de WOR een heffing moeten betalen in mei een aanslag van de Belastingdienst. Als heffingsgrondslag geldt vanaf 1 januari 2006 het loon in de zin van de Wet op de loonbelasting. De basis voor de heffing is het loon van het voorafgaande jaar.
In december stuurt de SER een beschikking met het percentage voor 2006. Het onderscheid in heffingspercentage voor overheid en bedrijfsleven vervalt.